고창갯벌은 약 194종의 저서규조류 서식하고 있으며, 이는 바지락과 동죽이 서식하는 중요한 기반이 된다. 또한 고창갯벌은 100여 종, 20만 마리의 물새를 부양하고 있는데, 이중 IUCN 적색목록 21종을 포함하고 있으며, 멸종위기종(EN등급)인 황새의 국내 최대 월동지로 알려져 있다. 한편 전 세계 1종 1속만 존재하는 황해 고유종인 범게의 국내 최대 서식지이기도 하다.
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